Como primeiro passo, precisa saber qual o nome da base de dados que está sendo utilizada no Stoq.
Abra um terminal Terminal (CTRL + ALT + T ou Aplicativos > Acessórios > Terminal) e digite os comandos abaixo que estão em negrito:

  • cat ~/.stoq/stoq.conf
    *Nos dados que aparecerão, há um campo chamado 'dbname'. Que demonstra o nome da base.

  • pg_dump -Fp nome_da_base -f stoq.sql
        *substituindo nome_da_base pelo valor que é apresentado no campo 'dbname'


Após esse último comando, na pasta pessoal será criado o arquivo 'stoq.sql' que está localizado em sua Pasta Pessoal.

Veja também - 
Como Restaurar um Backup