Em todos os aplicativos do Stoq, existe um menu onde você pode encontrar esta opção: Arquivo ▸ Novo ▸ Janela.
Outra opção é procurar na barra de ferramentas, no menu Novo ▸ Janela. Essa opção irá abrir uma janela nova do Stoq, totalmente independente da outra, te possibilitando possuir mais de 1 aplicativo aberto ao mesmo tempo.