Sim. O Stoq tem suporte para NF-e.
Esse suporte é oferecido em conjunto com o aplicativo disponibilizado gratuitamente pela Secretaria da Fazenda
Após habilitar o plugin nfe, para cada venda que for realizada e que possua um cliente indicado, será exportado um arquivo .txt, que deverá posteriormente ser importado no sistema da sefaz. Todo o processo de assinatura, envio e impressão do danfe serão realizados no sistema da sefaz.
Um ponto importante a observar em relação a NFe, é a questão dos certificados:
Existem dois tipos de certificados disponívels: A1 e A3. Os certificados A1 são apenas um arquivo, então o seu funcionamento em linux não apresenta problemas.
Já os certificados A3 são um dispositivo USB (Token USB ou Smartcard), e o seu uso em linux fica dependendo da disponibilidade dos drivers corretos, compatíveis com a versão atual da distribuição linux que esteja usando no momento.