Veja o tutorial abaixo de como realizar o desconto no recebimento de uma conta a pagar:
1- Abra o aplicativo Contas a pagar.
2- Selecione a Conta a pagar que desejar e clique no botão Pagar.
3- Na janela de confimação do pagamento, selecione o campo Desconto e aplique o valor que desejar.
*Atualmente não é possível aplicar um desconto com mesmo valor da parcela. É possível aplicar o desconto na parcela até que esta fique com o valor de R$ 0,01.
4- Após aplicar o desconto, preencha os campos restantes como desejar e clique no botão OK para concluir o pagamento da parcela. 
5- Por fim, a parcela ficará com o valor de 0,01 após ter sido recebida com o desconto, como mostra a imagem abaixo: 