O Stoq utiliza o "método das partidas dobradas" para a organização de transações financeiras.
Uma forma resumida de entender isso, é que para cada transação, há uma conta de "origem" e uma conta de "destino" - em uma dessa conta,  a transação apresenta um valor positivo e em outra, um valor negativo.

Imagine a seguinte situação:
Uma compra de mercadoria no valor de R$ 100,00 (isso gera uma conta a pagar). Após confirmar o pagamento dessa compra, é necessário demonstrar quais as contas de origem e destino desse pagamento.
As contas de origem e destino possuirão valores opostos (um positivo e outro negativo), demonstrando de onde esse dinheiro veio e onde foi investido. Ex: para esse caso da compra, conta origem = "Banco AAA" (-), conta destino = "Compra de Mercadoria" (+)

Conhecer esse método de controle, ajudará bastante o entendimento do aplicativo Financeiro.