Inicialmente é bom destacar que existem 2 tipos de certificados - A1 e A3.

A1: O mais simples deles, é em um arquivo digital para ser salvo em algum diretório do computador. - Funciona sem nenhum problema no Ubuntu.

A3: Esse tipo de certificado é um dispositivo (SmartCard ou Token). Por se tratar de hardware, depende muito dos drivers disponibilizados pelas fabricantes, e algumas não possuem suporte para Linux. Abaixo uma lista das fabricantes de Cartões/SmartCards ou Tokens que possuem drivers Linux.


Fabricante
Possui versão Linux Testado pela equipe Stoq Driver
eToken Safenet SIM SIM https://drive.google.com/open?id=0By_Rx3E2C8DWV0E5Skx0bWUxbzg
Cartão Safesign [1] SIM SIM https://drive.google.com/open?id=0By_Rx3E2C8DWMWtzZlFvVHVyT3c
Cartão e Token Oberthur SIM SIM https://drive.google.com/open?id=0By_Rx3E2C8DWZUZqY3VUMUNpUTA
eToken GD Starsign NÃO NÃO Não possui suporte para Linux
Token Feitian SIM NÃO Ainda não foi testado


Além dos drivers das próprias certificadoras, é necessário garantir que o Leitor de cartão ou Token seja suportado no Ubuntu.
No link abaixo, há uma lista dos dispositivos que são nativamente suportados no Ubuntu:


[1] Note que há diversas certificadoras que emitem cartões que utilizam o driver da SafeSign. Algumas das certificadoras possuem suporte oficial para linux, disponibilizando drivers (Entre elas: Boa Vista, Valid, Serasa Experian). Os certificados emitidos pela CertSign também utilizam o cartão da SafeSign, mas a certificadora não possui suporte oficial. Embora os drivers disponibilizados pelas outras certificadoras possam funcionar, não existe a garantia de que funcionarão.

https://wiki.debian.org/Smartcards#Supported_Hardware