Como primeiro passo, precisa saber qual o nome da base de dados que está sendo utilizada no Stoq.
Para isso, utilize os seguintes comandos:

cat ~/.stoq/stoq.conf


Nos dados que irão aparecer, há um campo chamado 'dbname'. Que demonstra o nome da base.
Após isso. Utilize os comandos:

sudo supervisorctl stop all


E logo depois:


 dropdb nome_da_base

    *substituindo nome_da_base pelo valor que é apresentado no campo 'dbname'


e o comando:
rm ~/.stoq/stoq.conf


Depois disso é iniciar o Stoq, e realizar a configuração da nova base de dados.