O Stoq não gera os arquivos de nota fiscal paulista, ela deve ser extraída diretamente da sua ECF.
Para extrair, basta entrar no site da fabricante da sua ECF, baixar o programa e extrair.
Algumas recomendações na hora de extrair.
1) Nao estar realizando nenhuma venda, ou melhor ainda nao utilizar o Stoq no momento da extracao